Fonsi fue seleccionado en el 2001 como una de las bellezas latinas de la revista People en Español. Además, tuvo el honor de participar en un evento histórico: el tributo a las víctimas del 11 de septiembre, El último adiós, en la Casa Blanca. Volvió con Amor secreto del que se destaca la canción Quisiera poder olvidarme de ti y Te vas, entre otras. Este álbum era diferente de los demás puesto que Fonsi incorporó ritmos nuevos como el R&B. Su próximo disco se llama Abrazar la vida. El primer tema ¿Quién te dijo eso? fue una de las canciones más escuchadas durante el año 2003. En este mismo disco, canta en dúo con Christina Valemi La fuerza de mi corazón, banda original de la película de dibujados animados El Cid.
A finales del año 2006 sale a la venta el primer disco de éxitos de este artista: Éxitos 98:06 en tres versiones distintas: cd, cd+dvd y la edición deluxe que contiene 3 nuevas versiones de los temas No lo digas mas, Paso a paso y Tu amor además de contener un poster autografiado por el artista.
Su último disco llamado Palabras del silencio se lanzó el día 26 de agosto de 2008 a nivel internacional y ha estado número uno de ventas en muchos países. Como primer sencillo está No me doy por vencido que fue número uno en las principales radios de EE. UU., España y Latinoamérica, además de en Billboard Latino y en iTunes en el 2008.